Zamek ma dość długą historię. Pierwszy , niewielki zamek wybudował tu w XIII wieku król czeski Przemysł Ottokar II. Był to jeden z najpotężniejszych władców czeskich. Rywalizował z Habsburgami o Austrię, co skończyło się dla niego fatalnie: zginął w bitwie pod Suchymi Krutami. Zamek przechodził w następnych latach z rąk do rąk i popadał w ruinę. W 1490 roku król czeski Władysław II Jagiellończyk (syn Kazimierza Jagiellończyka) zastawił zamek Wilhelmowi z Pernstejnu. Zamek znowu zatętnił życiem. Przebudowano go i rozbudowano. Jednak rządy Pernstejnów nie trwały długo. W II połowie XVI wieku zamek znowu zaczyna przechodzić z rąk do rąk. Zostaje przebudowany w stylu renesansowym. W XVII wieku Hluboká stała się własnością rodu Schwarzenbergów. Stan ten utrzymał się aż do II Wojny Światowej. To właśnie Schwarzenbergom zamek zawdzięcza swój obecny wygląd. Przebudowywany był parokrotnie. W II połowie XIX wieku nadano mu obecny wygląd. Neogotycka konstrukcja inspirowana była angielskim zamkiem królewskim w Windsorze. Na mnie zrobił wielkie wrażenie.